1949年5月，为恢复和发展河南的文化教育，培养国家所需要的人才，中共河南省委和河南省人民政府决定重建河南大学，并任命河南省政府主席吴芝圃为河南大学校长。1949年7月，河南省政府派专人赴苏州，联系迎接师生返回开封。在刘伯承、陈毅、韦国清等军政首长的亲切关怀下，苏州、南京、徐州等地人民政府积极调配车辆和渡船，组织人力保证供给，使农学院师生员工顺利返回开封。

1950年3月，河南省人民政府派河南省农业厅厅长刘潇然兼任农学院院长，吴绍奎为副院长，同时兼任河南省农业厅副厅长，负责农学院的恢复与重建。到4月份新的农学院组建完成，学院下设院长办公室和农学、森林两个系，办公室下设教务、注册和总务3个股，农学系下设农业和农业生物两个教研室，林学系下设林业教研室。全院共有教职工46人，学生103人。